【結論】

[Zoneファイル毎に実行]
# rndc sync -clean example.com
    (-clean と付けると、反映後に、example.com.zone.jnl は削除されます)

[全てのZoneファイルに対して実行]
# rndc sync -clean
    (-clean と付けると、反映後に、example.com.zone.jnl は削除されます)

手動反映させるには、上記の方法が一番、手っ取り早いと思う。
急がなければ、jnlファイルは定期的にzoneファイルへ反映しているので、
zoneファイルとjnlファイルのタイムスタンプを比較して、zoneファイルのほうが新しければ反映済み

単純にjnlファイルの情報を見たい場合は、
# rndc dumpdb -zones
# cat /var/named/data/cache_dump.db | grep ddns.example.com

その他の方法として、以下の方法もあるらしい (動作未確認)

# rndc freeze example.com
# cat /var/named/zone/example.com.zone
# rndc thaw example.com

しかし、この方法は、確実に「thaw」を実行しないと、
反映されなくなる点に注意が必要との事だった。