通常は、ローカル内のサーバーを管理すると思うので、IPv4アドレスで接続を行うと思う。
しかしながら、IPv6アドレスで接続したい場合に、IPv4と同じ感覚で、
munin.conf に、

[mail.example.com]
address 192.168.1.1
use_node_name yes

[www.example.com]
address 1111:2222:3333:4444::1
use_node_name yes

と設定すると、

Failed to connect to node 1111:2222:3333:4444::1:4949/tcp : Invalid argument
[ERROR] Munin::Master::UpdateWorker<www.example.com> failed to connect to node

と怒られます。

address の引数には、IPアドレスやFQDN(DNS解決可能な場合)でも設定可能ですが、
IPv6アドレスを指定する場合は、かっこ [] で囲む必要があります。

正しくは、

[www.example.com]
address [1111:2222:3333:4444::1]
use_node_name yes

と設定しましょう。