【結論】

Windows側のエクスプローラの表示設定「隠しファイルを表示する」に設定していると、
表示されます。
「隠しファイルを表示しない」にすると非表示になりますので、samba側は正しく機能しています。

Windowsのデフォルト状態では、「隠しファイルは表示しない」となっているので、一般の人は
非表示状態となっていますが、IT系よりの人は、「隠しファイルは表示する」ように設定変更していたりするので、
sambaが正しく機能していないと勘違いしてしまいます。

【詳細】

smb.confのデフォルト設定では、
hide dot files = yes (既定値)
となっているので、.(ドットから始まる)ファイルに対しては、隠しファイル属性となっています。
.(ドットから始まらない)ファイルに対しては、
hide files =
の設定で追加します。
しかしながら、双方、隠しファイル属性となるだけで、Windows側の表示設定を変更すると表示されるようです。

【「隠しファイルは表示する」に設定していてもsmb.conf設定で隠れないか？】

似たような設定に、
veto files =
があります。こちらは、一覧することもアクセスすることもできないファイルとディレクトリのリストを指定します。
こちらで設定すれば、表示されません。
しかしながら、"veto files =" で設定すると「知っている人はアクセス出来る」ような事は出来ません。