PICkit3 は、MPLAB X IDE v6.25から使用できなくなりました。
よって、PICkit3を継続的に使用可能な最終バージョンは、MPLAB X IDE v6.20 という事になります。
https://www.microchip.com/en-us/about/media-center/blog/2024/discontinued-ide-support-for-gen3-tools

MPLAB社のHPより、過去のバージョンのMPLAB X IDE をダウンロードできます。
https://www.microchip.com/en-us/tools-resources/archives/mplab-ecosystem 

PICkit3の後継で最新モデルはPICKit5 となりますが、2025/06/16現在 秋月電子で15,980(税込)で販売されておりますが、
趣味的利用で思い立った時に利用する(年に数回)レベルの頻度の私としては、大変高価な代物と言えます。

MicroChip社より、PICkit Basicがリリースされております。
https://www.microchip.co.jp/information/entry_file_download.php?Name=0f4fe3fe44c2c6fec448c946f614c70ffdb770f3.pdf&ID=535f45f4624db5a92baab7125d80df75c8b95f67
2025/06/16 現在 約6000円程度で販売されておりました。
https://www.marutsu.co.jp/pc/i/3587075/
※低電圧書き込みのみとの情報あり。PICがLVP対応で無いものは使用できない模様。 

これよりも安いとなると、RASPIを使って書き込みを行うソフト pickle がある。(詳細未確認)
※ RASPIを所持している人なら選択肢の一つとなるでしょう。 
https://wiki.kewl.org/projects:pickle